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洗瓶機的工作流程高度標準化，通常包含以下關鍵步驟：
分類裝載： 操作人員根據器皿的材質、形狀、尺寸和污染程度進行初步分類。將待洗器皿牢固、有序地放置于專用清洗籃架中，確保瓶口向下或朝向噴淋方向，避免相互遮擋或碰撞損壞，以實現標準的水流覆蓋和清洗效果。合理裝載是確保清洗效果的第一步。
程序啟動： 根據器皿類型（如常規玻璃器皿、微量移液管吸頭、頑固油脂污染器皿等）和污漬特性，在控制面板上選擇合適的預設清洗程序（或根據需要對水溫、清洗劑用量、時間等參數進行微調）。啟動設備后，智能控制系統隨即接管，指揮各部件協同工作。
噴淋清洗與化學作用： 這是去除污漬的核心階段。循環泵驅動水流，經由噴淋系統形成扇形水柱，對器皿內外進行物理沖刷。與此同時，系統會根據程序自動注入適量的專用清洗劑（包括堿性、酸性配方）。這些清洗劑中的有效化學成分與水流協同作用，高效分解和去除各種有機、無機殘留物、蛋白質、脂類等頑固污漬。溫度和時間的精確控制在此階段尤為關鍵，能顯著提升清洗劑的活性。
漂洗： 清洗階段完成后，系統自動切換至高純度水（如超純水或純水）進行多次充分漂洗。這一步至關重要，旨在清除所有清洗劑殘留和任何可能的微粒污染物，確保器皿的化學潔凈度，避免對后續實驗產生干擾。
高溫烘干： 漂洗結束后，設備自動轉入烘干程序。加熱元件啟動，產生潔凈的熱空氣，在循環風扇的作用下均勻穿透整個清洗腔室和器皿內部。熱風流速、溫度和時間均經過優化設定，快速蒸發殘留水分，確保器皿內外干燥、光亮如新，防止因潮濕環境導致的細菌滋生或水痕形成。
安全取出： 烘干程序結束，設備會發出提示音。操作人員可安全地取出潔凈干燥的器皿。此時的器皿已達到即用狀態，可立即用于下一次實驗或安全存放。
